Os aminoácidos unidos por ligações covalentes originam peptídeos, por meio das chamadas ligações peptídicas, onde há a remoção de uma molécula de H₂O, originada do OH^- do grupo carboxila e o H⁺ do grupo amina. Esta reação ocorre na presença de agentes condensantes fortes, onde irão formar dipeptídeos, tripeptídeos ou até mesmo polipeptídeos, dependendo do número de aminoácidos participantes.

As unidades de aminoácidos em um peptídeo são denominadas resíduos. Se o grupo amino for livre, o resíduo será amino-terminal ou N-terminal. Se for o grupo carboxila, o resíduo será carboxil-terminal. Denomina-se os peptídeos de acordo com os aminoácidos presentes, iniciando-se a identificação pelo resíduo amino-terminal.