A glicogênio sintase também é regulada por fosforilação, porém de forma oposta e recíproca à fosforilase, ou seja, a forma forsforilada é inativa. O equilíbrio entre as formas fosforilada/desfosforilada é dado pelos hormônios insulina e glucagon e também pelo equilíbrio glicólise/neoglicogênese.