Os maiores determinantes da cadeia longa dos esfingolipídios são a esfingosina e a esfinganina. A síntese desta última ocorre no retículo endoplasmático pela condensação de Palmitoil-CoA e serina.

Esfingosina, a mais abundante, pode ser produzida após a N-acetilação da esfinganina, mas já como componente da molécula de ceramida, como está explicitado na via 2D. Esta via foi demonstrada em ratos, mas há ainda uma via alternativa, estudada em leveduras, em que a síntese ocorre também a partir do Palmitoil-CoA, mas sem passar por enfinganina:

Palmitoil-CoA

trans-2-Palmitoleil-CoA

Esfingosina

Ceramida

A esfingomielina é sintetizada pela transferência do grupo fosfocolina da fosfatidilcolina para a ceramida, por uma enzima de membrana presente tanto no Complexo de Golgi quanto na membrana plasmática.

Glicofosfolipídeos são sintetizados por vias bastante similares às de síntese de glicoproteínas. Algumas das vias mais importantes ocorrem a partir da ceramida, e a base para o processo é a adição do carboidrato ao aceptor lipídico através de um nucleotídeo de açúcar. As enzimas envolvidas são ditas glicotransferases, e a maioria está localizada na membrana do Complexo de Golgi, voltadas para o lúmen.