Tamb�m s�o degradados por beta-oxida��o, mas enzimas adicionais s�o requeridas, pois ap�s alguns ciclos de beta-oxida��o, forma-se um Δ³-cis-acil-CoA graxo (Δ³-cis-R-CoA), que n�o � um substrato para a acil-CoA desidrogenase. Este passo � transposto pela isomeriza��o da dupla liga��o pela enoil-CoA isomerase a Δ²-trans-R-CoA, reestabelecendo a rota normal de beta-oxida��o. A enzima tamb�m � ativa para Δ³-trans, e atua em cadeias de 6 a 16 carbonos. Como n�o h� necessidade da a��o da acil-CoA desidrogenase (a mol�cula j� cont�m a dupla liga��o, necessitando apenas ser transformada no is�mero correto, o que ocorre sem libera��o de hidrog�nio), a produ��o energ�tica � menor, pois n�o h� produ��o de FADH₂, que geraria, atrav�s da cadeia transportadora de el�trons, 2 ATPs. 

No caso de poliinsaturados, h� a necessidade de outra enzima adicional, a 2,4-dienol-CoA redutase, que converte Δ²-trans,Δ⁴-cis-R-CoA em Δ³-trans-R-CoA (num passo dependente de NADPH), no qual atuar� a enoil-CoA isomerase como descrito anteriormente. Neste caso, além da não formação de 1 FADH2 para cada insaturação, a segunda dupla exige gasto de um NADPH.