O mais importante a notar neste ciclo é que o Acetil-CoA não é um intermediário dele, mas apenas um ponto de entrada. Só são intermediárias aquelas moléculas sintetizadas no próprio ciclo e continuamente regeneradas com o seu andamento.

Na verdade, os carbonos que entram pelo Acetil-CoA não são os mesmos liberados na forma de gás carbônico. São necessárias algumas voltas adicionais para que isto ocorra.

Além da produção de energia (especialmente nas 4 reações com energia conservada nos cofatores reduzidos NADH e FADH2, já que a produção de GTP é de apenas 1 por ciclo), este ciclo tem grande importância evolutiva para os animais que o desenvolveram pelo grande número de intermediários, que são utilizados em diversas outras reações. Os principais desvios são:

-Utilização do citrato na síntese de ácidos graxos e esteróis;

-Desvio do a-cetoglutarato para formação de aminoácidos ou bases nitrogenadas;

-Utilização do succinil-coA na síntese de porfirinas;

-Formação de pirimidinas a partir de oxaloacetato via aspartato e asparagina;

-Neoglicogênese e síntese de aminoácidos a partir do oxaloacetato via piruvato.

Há vantagem ainda porque aumentam as possibilidades de aproveitamento para diversas moléculas, que não precisam sempre ser degradadass totalmente a CO₂ ou a compostos de excreção. Muitas terminam sua via com a formação de um intermediário do ciclo, auxiliando ainda no número de ciclos funcionantes (disponibiliza material para o ciclo) e portanto, no aproveitamento de energia. As reações que produzem intermediários do Ciclo do Ácido Cítrico são ditas anapleróticas. São importantes tanto na reposição do ciclo - dado o grande número de desvios citados - como no aumento do número de ciclos funcionantes na alta demanda de energia.

Além disso, quando se tratam de processos metabólicos, interessa ao organismo um grande número de passos para que a liberação de energia se dê gradualmente. Com a oxidação direta de toda a molécula, a energia produzida seria muito grande, causando danos à célula e/ou prejudicando o aproveitamento eficaz da energia liberada.