A frutose 2,6 bifosfato não é um intermediário da glicólise, tendo função apenas regulatória. É sintetizada no excesso de frutose-6-P, sendo sua concentração portanto, um indicador da concentração deste intermediário. Isto explica seu efeito positivo na enzima fosfofrutoquinase (que utiliza a frutose-6-P) e inibitório sobre a frutose 1,6bifosfatase (que a produz).  Esta é portanto uma das moléculas responsáveis pela regulação recíproca entre glicólise e neoglicogênese.