Duas diferentes poliisopreno sintases têm mostrado similaridades de regiões em suas seqüências. São elas:

-Escaleno sintase - EC2.5.1.21 (SQS), que cataliza a conversão de duas moléculas de farnesil difosfato (FPP) a escaleno. É o primeiro passo que compromete a via com a biossíntese do colesterol. Esta reação é catalizada em dois diferentes passos: o primeiro é uma condensação cabeça-cabeça de duas moléculas de FPP para formar pre-escaleno difosfato; este intermediário é então rearranjado numa redução NADP-dependente, para formar escaleno. SQS é encontrada em eucariontes, e parece estar ligada à membrana.

-Fitoeno sintase (EC 2.5.1-) (PSY), que cataliza a conversão de duas moléculas de geranilgeranil di-P (GGPP) a fitoeno. É os egundo passo na biossíntese de carotenóides a partir de isopentenil di-P. A reação conduzida pela PSY também ocorre em dois passos separados: a condensação cabeça-cabeça de duas moléculas de GGPP para formar prefitoeno di-fosfato e o rearranjo deste a fitoeno. PSY é encontrada em todos os organismos que sintetizam carotenóides: plantas e bactérias fotossintéticas, bem como algumas bactérias que ão fazem fotossíntese de fungos. Em plantas a PSY está localizada nos cloroplastos.

-Plea descrição, fica clara a similaridade funcional entre as duas enzimas, o que também se reflete em sua estrutura primária. Em particular, três regiões são bem conservadas nas duas enzimas, e podem estar envolvidas na ligação ao substrato e/ou mecanismo catalítico. Duas delas, localizadas na parte central das enzimas, servem de assinatura para reconhecimento.
Referência